Сьогодні Балтійське море вважається одним із найбільш забруднених у світі. До серйозних і заплутаних проблем, що зачіпають Балтію, належать евтрофікація, скидання небезпечних речовин, ризики, що створюються морським транспортом, і втрата біорізноманіття.